元朝末年，朝廷不顾百姓生死，苛政赋税，民不聊生。百姓被搜刮殆尽，无奈之下他们起兵反抗，其中代表人物就有韩山童。一时间魔道并行，中原百姓早就生活在水深火热之中，这也激起了隐藏在深山老林之中的仙道的愤怒，他们为了拯救苍生，暂且放下修行，因为他们有镇妖之宝——天玄剑。
韩山童在白莲教、明教等众教之中提出“明王出世”的说法，自称是弥勒转世，极力鼓吹百姓反抗元廷，被推举为“明王”。由于义军头戴红巾，故被称为红巾军。可是天嫉英才，山童不久兵败被杀，但反元的大军并没有因此停住脚步。山童死后，他的儿子韩林儿继续继承父业，被推举为“小明王”，各地百姓揭竿而起，其中代表人物就有明太祖朱元璋、汉王陈友谅、吴王张士诚。
朱元璋出生于濠州东北，关于其出生有“凤阳说”和“明光说”等，正史比较趋于“凤阳说”，七百年的史实早已尘封在我茫茫神州大地之中，凤阳也好，明光也罢，朱元璋是我们中国人这是毋庸置疑的。朱元璋身世坎坷却从小就立下宏图大志，给地主家放过牛，在庙里做过和尚，从这些就可以看出他不怕吃苦。朱元璋做游僧期间在濠州被一方将领郭子兴赏实，收为义子，并将自己的义女马小姐嫁给他。或许是缘分吧，朱元璋率领义军在今五河县境内对抗元军期间遇到了救命恩人严小姐，而她正是小说主人公的妹妹。朱元璋知恩图报，在严小姐父母的允许下定下终身，并约定打下江山就来迎娶严小姐。朱元璋有宏图大志，他的眼光绝不局限于一城一池，他带领自己的老乡徐达，常遇春拿下定远，在此期间遇到博学者李善长，朱元璋拜其为军师，殊不知他遇到的是一个神人，而这个李善长却和严鼎的儿子严青有着非同一般的交往。
在那个战火连天、硝烟弥漫的年代，泗水人严鼎却以自家的财势求的一方太平，可是元军为了控制他立他为王，国号大周。身为乱世小国之君，严鼎并没有贪图享乐，身为汉人的他时刻为了反抗元军做着准备，他也经常开仓放良造福一方百姓。为了传宗接代不惜迎娶数位小妾为他生个儿子，或许是他善事做多感动上天，一天一个游道赠他小妾一粒仙丹，不久就生下一对双胞兄弟。他晚来得子，还且是一对双胞胎，所以格外心疼，大儿名为严青，小儿严雨。好景不长，他的大儿子严青因不满父王严鼎与元人勾结在宫殿里刺死元大将脱脱的使者，严鼎为了保全家室遂向元宁帝请命。脱脱在半路上杀了严鼎，然而嗜血如命的他虽然治水取得民心但家臣被杀彻底激怒了他的本性，严鼎的死并没有让他放下仇恨，他继续派人追杀严家宗亲，严氏二兄弟逃到落难至终南山，遇到了在洞中修炼多年的八仙之首吕洞宾。吕洞宾收他们二人为徒，是年，三岁的严妙妙随母逃至钟离，在花园湖东数十里处的化明村定居下来，或许是冥冥之中早已注定他在这里与朱元璋相遇，正是他救了朱元璋，如果不是这位严小姐，中国的历史可能要改写了。
严青严雨兄弟二人起初为了避难躲到了终南山，在遇到仙人师傅吕洞宾后便有了为父报仇的想法，可是阴差阳错，他们父亲的灵魂在仙道的引渡下附在一个婴儿身上，这便是日后大夏国的创立者——明玉珍。在得知这一真相后，他们兄弟二人决定好好修炼，替天行道，拯救苍生，这时又遇到了师傅的关门弟子，也就是他们的师兄——宋濂、李善长。这二人虽然学道早，却并无仙骨，不过他们的人品是值得肯定的。还有一人就是刘基，此人与前两位不同，可惜他差点成仙，他也是严雨对全真道改革时遇到的阻碍最大。严青兄弟二人虽然年纪轻轻却有情有义，这也引起了吕洞宾的格外亲睐，吕洞宾教他们天玄剑术，此剑术共分为九层，严青短短几年就学成，在经过师傅的各项考核之后下山匡扶正义。一路上严青九死一生，险些被父亲的手下害死。严青武功高强，道法高深，却从不多虑，这也成了他日后致命的弱点。
严雨学成天玄剑术之后受吕祖之命做了青天观主，吕祖本人隐匿于山中。严雨的师兄弟见他年纪轻轻便瞧不起他，他意识到很多道士只是滥竽充数，最终只会成为江湖术士，欺骗百姓，于是他决定重修法典，取师傅“纯阳子”号与宋濂、李善长等改革派道士修编《纯阳子》一书，他们在吕祖的教导下改“金丹”为“内丹”，这也使?那些术士以“金丹”之名坑死善人的机会大大减小了。可是严雨得罪了那些保守派，他们励志除掉严雨。
严雨的师兄刘基是个两头蛇，一面在观主面前献殷勤，可暗下与保守派勾结，在取得严雨信任之后将其骗入镇妖山内，此时正遇到走火入魔的吕洞宾，他在关键时刻将天玄剑的秘密告诉严雨，并托他告诉严青，妖魔乘虚而入，吕祖很快魔变了。严雨利用御剑术逃脱此劫，不过师父的肉身已经魔变，他立即让师兄李善长等人守住道观，连夜下山去找严青，将师傅魔变以及天玄剑的秘密告诉了严青。李善长与宋濂此时悄悄下山跟着朱元璋的大军打天下了，这或许是他们自断阳寿。
严青和严雨商量着最终决定只有找到真仙才能拯救吕祖，他们却遇到了另一位魔界仙人的大弟子胡惟庸。此人自称汉钟离直系弟子，吕祖师弟。胡惟庸非但没有帮上什么忙却借此机会得到天玄剑的秘密，吕洞宾魔体被严氏兄弟二人打败之后灵魂便游荡在人间，终于一次机会让他附身到大夏国太子明升身上。吕祖顺利落户，可是胡惟庸连夜盗走天玄剑，镇妖神剑被盗，妖魔肆意逃脱，杀人无数，严青兄弟一路收妖伏魔也未能化解此劫，于是由天玄剑引发的斗争开始浮出水面。