经过了李率泰的攻城之后，江阴城头的乡兵们对守城更加的熟稔，不需要刘肇基主力参与，仅凭乡兵就挡住了绿营兵数论的攻城。

偶有绿营兵攻上城头，马上就有以逸待劳的崇明军长枪手围了上来，无数把长枪把攻上城头的绿营兵勇士挑落城下。

连续三天，挡住了绿营兵的无数次进攻。可是江阴城的乡兵伤亡同样很大，足有四五千人死伤在清兵的弓箭之下。主要是八旗兵的弓箭威力实在太大了，上万名弓箭手就站在城下往城头攒射，每时每刻都有乡兵倒在箭雨之下。搞到最后，城头的乡兵不得不每人顶着盾牌在城上防守。

眼见得靠云梯攻城明显拿不下来，多铎改变了攻城之策，下令挖城。

以三层牛皮为顶，内设九梁八柱，在城下设立了十多个点开始挖城。每个牛皮帐可容纳清兵百余，上面的三层牛皮箭矢不能透，砖石落在上面也会弹出。

见此情形，阎应元命令架起大锅，锅里盛满桐油，用烈火开始加热。等桐油被烧的滚滚沸腾之时，从城头倾倒下去，滚油顷刻间便烧透了牛皮，落在里面的清兵身上，无数的火把从城头落下，绿营兵们惨叫着成了一个个的火人。

挖城之策不能行，多铎只能另寻他策，好在此时先后有大炮从南京杭州等地运来，多铎便下令火炮攻城。

上百门各式火炮夹在了城外的高地，对准了江阴展开了连续的炮击。炮弹如雨，落在城头，落在江阴城内，骨断筋折、房倒屋塌，每时每刻江阴都承受着极大的伤亡。

只能挨打的滋味并不好受，城上的士气不可避免的低落下来。城头虽然也有火器，火枪火铳不少，可是能及远的火炮却是没有几门。靖江岛崇明军的舰队里战船上虽然有数以百计的火炮，可是毕竟战船不能开抵江阴城下。

炮击一连进行了三天，数以千计的江阴军民死在了清兵的火炮之下，城上堆叠垛口被火炮也轰击的稀巴烂，先后数段城墙被轰出缺口。阎应元带着城内的工匠冒着弹雨拼命抢修，把残破的城墙重新垒上。

八月十六日夜里，大雨如注，咆哮了数日的炮声终于止歇了下来。

江阴北城的城门悄悄打开，刘肇基亲自带领三千崇明军杀向清兵的火炮阵地。

阵地上的清军炮兵早就躲在了帐篷里避雨，被摸上来的明军杀了个措手不及。可是面对着沉重的火炮，明军士兵也全无办法，想运入江阴城那是不可能。无奈之下，只能用木头把一个个炮口塞住，寄希望如此能阻挡几天。

经历了李率泰被杀之事，多铎对明军的夜袭早有准备，五千名全服武装的八旗兵围杀了过来。

刘肇基率领手下和八旗兵激战，不论是兵力还是战力差距实在太大，只能匆忙撤退。奈何八旗兵追的太紧，无法安然入城，没办法的刘肇基只能带兵向着江边撤退，在茅十八水军的接应下逃到了靖江，能逃脱性命的不足千人，第三镇的崇明军已经打残。

没了刘肇基崇明军主力的协守，江阴城的局势更加岌岌可危，时刻都有陷落的危险。