既然任思齐反对拥立义阳王监国，田仰等人再上串下跳也终归无用。在崇明岛上，数万军队二十万百姓都只认任思齐，田仰等人随行只有数千军队，而且一应补给都要仰仗崇明岛。

无奈之下，田仰和张朋翼等人乘船离开了崇明，往浙江方向而去。

但是也有一部分人留了下来，其中就包括下江道荆本彻和监军道王臣缙。征求二人意见之后，任思齐任命荆本彻为崇明同知，王臣缙为崇明通判，协助沈廷扬管理崇明民政。

与此同时，任思齐在崇明新城设立都督府，由原来的肃虏侯幕府改建而成。

都督府下设立参谋、后勤、装备、镇抚，敌情，统战，职方七司。

参谋司主掌作战、训练、筹划等军务。后勤司主掌营房、辎重运送、物质采买、粮饷财物等。装备司主掌全军武器制作，购买，保管，分配等等。而镇抚司则主掌全军军纪，负责对违纪官兵惩罚，负责战场上战功登记核实。敌情司负责派遣细作收集情报探查各地敌情。

参谋司司长还是李彦直，后勤司司长曹长江，敌情司司长安东尼，镇抚司司长宋立本，装备司长则由刚加入岱山军的陈于阶担任，原司长门罗调任新兵营担任炮兵教官。任命一个异族担任高官已经引起了很多人不满，任思齐不得不把门罗拿了下来，不过门罗的待遇品级一切未变。

统战司乃是新立，由新加入的阎尔梅担任司长，划拨李栓子数百名宣传队员入统战司。统战司的职责就是宣传满清暴行，宣传民族大义，联络各地开明绅士百姓，广交朋友，组建抗清统一战线。

江浙各地，虽然上层官府乡绅都选择了投降满清，可是低下对满清不满心向大明的人还有很多。虽然明面上满清占据了整个江南，可是私底下暗潮汹涌，只待时机成熟，就会爆发出抗清浪潮。任思齐知道，这个时机为时不远，但等剃发令一出，江南各地就会风起涌云，那时就是统战司用武之时。

职方司也是新立，司长由任思齐兼任，主管军队人事，军官任免升降，对军队各级军官建立档案进行管理。

每一个司下面又设立数堂，堂设主事，堂下设科，构成了庞大细致的系统。

整个都督府所属官员文吏人数多达数百，人数虽多却绝无冗余。

都督府设立之后，立刻爆发出强大的能量，各级官员各司其责，崇明岛军政一切步入正规。

全心投入崇明岛建设发展的同时，任思齐也没忘了岱山。他任命任峻为岱山知县，掌管岱山民政，任命陈忠为县丞，主管商业贸易。